在史丹佛，我大部分都在East-Asian Collection看資料、印檔案，其中最重要的就是做二二八事件的研究。我真正動筆寫大概花了三個月的時間，寫了兩三萬字，後來發表在1991年由台美文化交流基金會、現代學術研究基金會主辦的二二八學術研討會，那是解嚴之後第一次那麼大規模探討二二八的學術研討會，我那篇〈論台灣二二八事件的原因〉後來還被收錄在《台灣史論文精選》。在史丹佛，除了一般的論著，戰後初期的舊報紙、雜誌在東亞圖書館都看得到，所以很有貼切感，當時我寫那篇論文的感覺，好像親身經歷了二二八一樣。 現在東亞圖書館早已不存在，原有的中、日、韓文圖書資料打散到校內其他圖書館，倒是胡佛研究所的檔案館藏有重要的台灣近代史料，如葛超智（George H. Kerr,1911?1992）檔案，2005年之後開放閱覽（但不能影印照相）的蔣介石日記，這兩年甚至可以看到王昇日記以及殷海光、雷震的若干史料。多年來我因撰寫二二八以及白色恐怖相關論文，乃至八二三炮戰、聯合國中國代表權、釣魚台爭議等問題，多次造訪胡佛所的檔案館，受益良多。 1991年在史丹佛短期進修期間有個插曲，就是有一次（記不起是民進黨還是）某個台灣人社團發起在美東的中國大使館前抗議，主辦單位也從台灣邀來謝長廷立委，我則從加州專程飛到美東「共襄盛舉」。其實那是張富美女士鼓勵我去的，她說她常坐飛機，有累積免費的里程票，可以讓我免費往返。但我在美東參加活動居然被媒體拍照刊登，讓在台灣的近史所同仁—尤其是張所長看到，我自己「惹了禍」當下並無警覺，是回到國內以後才知道他（們）不高興；這應是導致後來我差一點被「不續聘」的因素之一。 當時中研院制度是四年一聘、但滿三年就要開始行政作業，而我在所內續聘投票沒通過，提起申訴，院方重新審查之後的處置（因為審查報告一半好、一半不好）是查看一年，一年後讓近史所再投票一次，幸好就通過了。可是我心裡頗感不平，因為我進所之後連續三年得到國科會獎助，我認為一起辦續聘的同仁之中不論質量我都不會是最後一名，卻只有我沒通過；況且幾乎同一期間本所有一位資深同仁也拿公家的錢去史丹佛進修，他根本很少在圖書館出現，一天到晚遊山玩水，要不就去超市買菜回住處做菜，結果遊玩幾個月的沒事，我去參加一個兩三天的抗議活動就不可以。 在史丹佛那幾個月，我剛好碰上第一本英文的二二八學術著作問世，如果以中文來說恐怕也是第一本，就是賴澤涵、馬若孟（Ramon H. Myers）的《悲劇性的開端：台灣二二八事變》，我第一時間也在史丹佛大學的書店買來讀了，不久就寫了一篇書評，寄回來給《自由時報》發表。在文中我批評該書對二二八的觀點是copy國民黨的官方觀點，例如認為處委會提出“more and more radical”的要求，所以蔣介石才派兵鎮壓，我說這是謊話，因為二二八處理委員會是3月7日才提出「卅二條處理大綱」，可是我們從檔案可以知道蔣介石最慢在3月5日就下令派兵了。而蔣介石在3月10日「總理紀念週」第一次公開談論二二八事件就是這麼定位的：「不料上星期五（七日）該省所謂『二二八事件』處理委員會，突提出無理要求，??此種要求『已踰越地方政治之範圍』??故中央已派軍隊赴台灣??」這就是《悲劇性的開端》所敘述的—把派兵的理由和處委會的要求扣連起來，明顯copy蔣介石的觀點。當時我已認為只要能平心看原始資料，很容易可以對事件的因果、經過把握梗概，雖然未必詳細，但至少梗概有了，重點不會顛倒，研究報告就可以慢慢增加血肉，拼出全貌。總之，在史丹佛的短期進修，就我個人的研究史來說，是二二八研究的開端。
自2017年11月迄今，除了與中央研究院台灣史研究所繼續合作出版保密局相關檔案《保密局臺灣站二二八史料彙編（五）》，及有關二二八相關研討會的《七十年後回顧：紀念二二八事件七十週年學術論文集》之外，基金會除了原有出版品的再版，也出版了第一本法文、英文對照有關二二八的口訪整理的專書Les temoignages du silence，還有《二二八平反與轉型正義》、《青春二二八：二七部隊的抵抗、挫折與流轉》等等。這本《拼圖二二八》則是2019年開春重要的研究出版品。
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